Eng qadimgi dushmani Shryoderning mag'lubiyatidan so'ng, toshbo'ron oilasi ajralib ketdi. Oilaviy birlikka qarshi kurashdan tashqari, ularning aql-idrokiga ko'ra, Splinter Nyu-Yorkda g'aroyib narsa yuz berayotganidan tashvishda. Texnik-industrialist Maximilian Vinters nafaqat ninja jangchilarining buyrug'i - Leonardoning, Mikelanjelo, Donatello va Rafael tomonidan to'xtatilishi mumkin bo'lgan qadimiy xushyorlarning armiyasini tayyorlamoqda! O'zining sobiq hamkasblari, aprel O'Neyl va Casey Jons bilan birgalikda, turtlar hayotlari uchun yana kurash olib borishadi, ular yana o'zlarining ninja qobiliyatlarini Qishning manfaatlariga xizmat qiladigan sirli klan oyog'i bilan to'qnashishlari kerak. После поражения их старейшего врага Шредера, семья черепашек распалась. Кроме борьбы за единство семьи их сенсей Сплинтер обеспокоен еще и тем, что в Нью-Йорке происходит что-то странное. Техноиндустриалист Максимилиан Уинтерс готовит армию древних монстров, остановить которую сможет только суперкоманда бойцов ниндзя — Леонардо, Микеланджело, Донателло и Рафаэль! Вместе со своими прежними соратниками Эйприл О`Нил и Кейси Джонсом Черепашки снова в сражаются за свои жизни, им снова предстоит противостоять таинственному клану Фут, поставившему свои собственные способности ниндзя на службу интересам Уинтера.