Uzoq vaqt davomida shaharning kanalizatsiya labirintasida odamlardan yashirgan ninja qopqalari. Bir necha yillar mobaynida o'qituvchi Splinter ularga jang san'atlarini o'rgatdi va ularga adolat tuyg'usini o'rgatdi. Bir nuqtada Nyu-Yorkni Nyu-Yorkdagi hokimiyatni egallab olgan Shilekning boshlig'i Shryoderni qutqarish uchun yuqoriga ko'tarilishlari kerak edi. Jasur jurnalist va aprel ayg'oqchi Vern bilan birgalikda, qo'rqmasdan jangchilar o'zlarining eng sevimli shaharlaridan birini qozonishga muvaffaq bo'lishdi. Leonardo, Mikelanjelo, Rafael va Donatello bu dunyoda o'z maqsadlarini topdilar va o'zlarining himoyachilari bo'ldi. Ular Nyu-Yorkda narsalarni tartibga solib qo'yishdi va vijdon bilan voz kechishdi, biroq yana bir bor o'z shahriga tahdid soladigan kuchli dushmanga duch kelishdi. Долгое время черепашки-ниндзя скрывались от людей в лабиринтах городской канализации. На протяжении нескольких лет учитель Сплинтер обучал их боевым искусствам и прививал им чувство справедливости. В один прекрасный момент им пришлось подняться наверх, чтобы спасти Нью-Йорк от Шредера, предводителя Клана Футов, захватившего власть в Нью-Йорке. Вместе с отважным репортером Эйприл и ее оператором Верном, бесстрашные воины смогли одержать победу и очистить любимый город от преступности. Леонардо, Микеланджело, Рафаэль и Донателло нашли свое предназначение в этом мире и стали защитниками своего города. Они навели порядок в Нью-Йорке и с чистой совестью могли отправиться на покой, но однажды им вновь пришлось столкнуться с могущественным врагом, угрожающим их городу.